Zotero文献管理和iPad批注并同步的坑
文献管理软件用过不少，从最早NoteExpress到牛逼的Citavi，再到Endnote。之前看文献一直都在用同济免费的Endnote，配合坚果云同步，在不同电脑上用也挺方便，最大的不方便有两个。第一是如果iPad上想看文献比较麻烦，只能专门挑出来一篇篇pdf通过坚果云同步后再iPad打开。第二是中文文献导入很麻烦，知网下了pdf，导入不能自动关联知网的论文信息，要手动知网下对应的导入文件（最多就是能批量导入）。
最近尝试换到zotero，虽然之前用Citavi的时候也玩过zotero，但是十年前的zotero还很不成熟，现在都有iPad版本的zotero了，试了下，能用，遂想着多设备同步来搞定文献管理。
需求
需求其实很简单，按照使用习惯，下文章一般都在电脑上，而且一般都直接是pdf文件（caj格式就是异端！ ）。第一，需要导入pdf后能自动关联文献信息。第二，多设备同步，包含多电脑同步以及iPad上阅读，iPad+pencil批注很方便，需要能同步批注信息。
实现形式
关联文献信息
这个实现很容易，这一步一般在电脑上实现，下好pdf导入。英文文献自动搜索并关联，中文文献有Jasminum插件（https://github.com/l0o0/jasminum）能实现。上周知网更改了元数据抓取方式，不过作者很快更新了插件，目前zotero 6的插件抓取知网信息已经没问题了，zotero 7不清楚。
虽然不是自动完成，但是依靠这个插件，右键再选择一下，已经能解决99%的问题了。
同步
文献同步还是用坚果云，通过webdav方式。
iPad阅读和批注
官方现在有zotero app，刚开始还挺好用，支持简单的批注，不过前段时间突然出现同步的pdf附件不能打开的情况，一直提示“The attached file could not be found”。电脑端没什么问题，不同电脑端也没问题，就只有iPad端找不到文件，网上有教程说通过电脑端“首选项-同步-重置-重置文件同步历史”的做法可以修复，不过我尝试了没用，所以这个官方app也差不多是个废物了，还有待改进。
还有一种方法是通过PaperShip app直接关联zotero的webdav同步，阅读没问题，要批注的9.99美元。要是软件好用的话这9.99刀也不是很贵，不过这app上一次更新已经是4年前了，网上也同样有很多不能同步批注的问题，所以想想这9.99刀还是省了。
昨天洗澡的时候想到其实我要的需求实现起来不难，文件已经是放到了网盘，只需要支持阅读和批注的pdf软件去读pdf，看完将批注和原来的pdf合并成一个文件返回给网盘就行，应该有人和我有一样的需求的呀。而且pdf阅读批注重新打包上传是很容易实现的，就是pdf阅读器加个网络连接的问题。完美一点是实现和zotero一样的批注保存方式，独立保存，这样就需要完全匹配zotero桌面端批注保存的样式和格式。
今天花了点时间搜了下，确实同样需求的人很多，实现起来其实也不难。用到的是Zotfile插件（https://github.com/jlegewie/zotfile），实现方式有两种：通过zotfile的平板模式实现和通过自定义同步实现。iPad端app都是pdf expert，可以通过webdav链接，并且批注方式很多样。
- 通过zotfile平板模式实现
主要参考这个介绍
原理是新建一个同步文件夹（可以认为是暂存盘），平时是空文件夹状态。要读哪个文献了，通过插件将pdf发送到这个暂存盘，iPad上的阅读批注软件通过连接这个同步文件夹打开pdf。阅读批注完后会自动同步上传到暂存盘，然后电脑上再通过这个插件取回文件，比较同步文件夹中的文件有没有修改，有修改，就替换掉现在zotero同步盘中的对应pdf，同时删除暂存盘中的文件，暂存盘恢复空文件夹状态。
（这个方法最容易搜到，尝试了下太多步骤，手动发送再取回文件的操作着实不符合自动化的定义，放弃）
- 通过zotfile自定义同步实现
Zotfile可以通过改变zotero管理pdf的方式来实现自定义同步。zotero默认将pdf打包成自定命名规则的zip包同步，webdav同步这些zip包，双击打开文件操作是直接打开文献条目对应的zip包内的pdf文献，同步盘同步的是这些文献包。而Zotfile可以将文献条目下的对应文件从pdf文件换成pdf链接（pdf图标上有个链接图标了）。
这样zotero同步的就是这些pdf文件链接了，pdf真实文件可以在任何可以访问的网络上。
在这个基础上，再弄个同步盘，专门用来同步pdf文件不就行了，iPad上阅读批注都访问这个文件夹，zotero通过链接访问这些有批注的文件，就能完美搞定文件同步和批注同步了。
设置也不难，Zotfile设置第一页就有自定义文件位置的设置，坚果云新建一个同步文件夹用来存放所有pdf，还能根据分类(%c)放到不同分类文件夹下，设置好后所有文件选中，右键——Manage Attachments——Rename and move，不仅能根据作者文献名命名pdf，还归类好了文件夹。
这样设置完后其实iPad上用pdf expert连接webdav看文献作批注已经可以了，但是到另一台电脑上后出现了pdf打不开的问题，提示是绝对路径下没有这个pdf文件，当时没截图（摊手）。类似A电脑上同步pdf的文件夹放在E盘，B电脑同步文件夹在D盘，B电脑上打开pdf就会提示找不到E:XXXXXX.pdf。这不就是绝对路径和相对路径问题么，搜到下面这个页面能解决。
Zotero多平台同步附件踩坑:如何设置zotfile的custom location
通过设置zotero链接文件路径和同步路径相同就行。
这样基本就完美了。
尚待实现
- 前面提到zotero是将批注和文献pdf分开存放的，这样就不破坏原pdf，现在这样的方法，批注其实是和原pdf合并在一个文件了。这样情况下，电脑上对文献的批注是不能在iPad上看到的，而iPad上的批注会增大pdf文件。不过都是文献而已，这两个都不算问题。
- 书的导入还是个问题，特别是中文书，之前一直想稿豆瓣读书能不能一键导入文献管理软件，找时间也看看实现方式。
