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Zotero文献管理和iPad批注并同步的坑

文献管理软件用过不少,从最早NoteExpress到牛逼的Citavi,再到Endnote。之前看文献一直都在用同济免费的Endnote,配合坚果云同步,在不同电脑上用也挺方便,最大的不方便有两个。第一是如果iPad上想看文献比较麻烦,只能专门挑出来一篇篇pdf通过坚果云同步后再iPad打开。第二是中文文献导入很麻烦,知网下了pdf,导入不能自动关联知网的论文信息,要手动知网下对应的导入文件(最多就是能批量导入)。

最近尝试换到zotero,虽然之前用Citavi的时候也玩过zotero,但是十年前的zotero还很不成熟,现在都有iPad版本的zotero了,试了下,能用,遂想着多设备同步来搞定文献管理。

需求

需求其实很简单,按照使用习惯,下文章一般都在电脑上,而且一般都直接是pdf文件(caj格式就是异端! )。第一,需要导入pdf后能自动关联文献信息。第二,多设备同步,包含多电脑同步以及iPad上阅读,iPad+pencil批注很方便,需要能同步批注信息。

实现形式

关联文献信息

这个实现很容易,这一步一般在电脑上实现,下好pdf导入。英文文献自动搜索并关联,中文文献有Jasminum插件(https://github.com/l0o0/jasminum)能实现。上周知网更改了元数据抓取方式,不过作者很快更新了插件,目前zotero 6的插件抓取知网信息已经没问题了,zotero 7不清楚。

虽然不是自动完成,但是依靠这个插件,右键再选择一下,已经能解决99%的问题了。

同步

文献同步还是用坚果云,通过webdav方式。

iPad阅读和批注

官方现在有zotero app,刚开始还挺好用,支持简单的批注,不过前段时间突然出现同步的pdf附件不能打开的情况,一直提示“The attached file could not be found”。电脑端没什么问题,不同电脑端也没问题,就只有iPad端找不到文件,网上有教程说通过电脑端“首选项-同步-重置-重置文件同步历史”的做法可以修复,不过我尝试了没用,所以这个官方app也差不多是个废物了,还有待改进。

还有一种方法是通过PaperShip app直接关联zotero的webdav同步,阅读没问题,要批注的9.99美元。要是软件好用的话这9.99刀也不是很贵,不过这app上一次更新已经是4年前了,网上也同样有很多不能同步批注的问题,所以想想这9.99刀还是省了。

昨天洗澡的时候想到其实我要的需求实现起来不难,文件已经是放到了网盘,只需要支持阅读和批注的pdf软件去读pdf,看完将批注和原来的pdf合并成一个文件返回给网盘就行,应该有人和我有一样的需求的呀。而且pdf阅读批注重新打包上传是很容易实现的,就是pdf阅读器加个网络连接的问题。完美一点是实现和zotero一样的批注保存方式,独立保存,这样就需要完全匹配zotero桌面端批注保存的样式和格式。

今天花了点时间搜了下,确实同样需求的人很多,实现起来其实也不难。用到的是Zotfile插件(https://github.com/jlegewie/zotfile),实现方式有两种:通过zotfile的平板模式实现和通过自定义同步实现。iPad端app都是pdf expert,可以通过webdav链接,并且批注方式很多样。

  • 通过zotfile平板模式实现

主要参考这个介绍

zotero在ipad上使用中遇到的问题及解决办法

原理是新建一个同步文件夹(可以认为是暂存盘),平时是空文件夹状态。要读哪个文献了,通过插件将pdf发送到这个暂存盘,iPad上的阅读批注软件通过连接这个同步文件夹打开pdf。阅读批注完后会自动同步上传到暂存盘,然后电脑上再通过这个插件取回文件,比较同步文件夹中的文件有没有修改,有修改,就替换掉现在zotero同步盘中的对应pdf,同时删除暂存盘中的文件,暂存盘恢复空文件夹状态。

(这个方法最容易搜到,尝试了下太多步骤,手动发送再取回文件的操作着实不符合自动化的定义,放弃)

  • 通过zotfile自定义同步实现

Zotfile可以通过改变zotero管理pdf的方式来实现自定义同步。zotero默认将pdf打包成自定命名规则的zip包同步,webdav同步这些zip包,双击打开文件操作是直接打开文献条目对应的zip包内的pdf文献,同步盘同步的是这些文献包。而Zotfile可以将文献条目下的对应文件从pdf文件换成pdf链接(pdf图标上有个链接图标了)。

link.png

这样zotero同步的就是这些pdf文件链接了,pdf真实文件可以在任何可以访问的网络上。

在这个基础上,再弄个同步盘,专门用来同步pdf文件不就行了,iPad上阅读批注都访问这个文件夹,zotero通过链接访问这些有批注的文件,就能完美搞定文件同步和批注同步了。

设置也不难,Zotfile设置第一页就有自定义文件位置的设置,坚果云新建一个同步文件夹用来存放所有pdf,还能根据分类(%c)放到不同分类文件夹下,设置好后所有文件选中,右键——Manage Attachments——Rename and move,不仅能根据作者文献名命名pdf,还归类好了文件夹。

jietu.png

这样设置完后其实iPad上用pdf expert连接webdav看文献作批注已经可以了,但是到另一台电脑上后出现了pdf打不开的问题,提示是绝对路径下没有这个pdf文件,当时没截图(摊手)。类似A电脑上同步pdf的文件夹放在E盘,B电脑同步文件夹在D盘,B电脑上打开pdf就会提示找不到E:XXXXXX.pdf。这不就是绝对路径和相对路径问题么,搜到下面这个页面能解决。

Zotero多平台同步附件踩坑:如何设置zotfile的custom location

通过设置zotero链接文件路径和同步路径相同就行。

这样基本就完美了。

尚待实现

  • 前面提到zotero是将批注和文献pdf分开存放的,这样就不破坏原pdf,现在这样的方法,批注其实是和原pdf合并在一个文件了。这样情况下,电脑上对文献的批注是不能在iPad上看到的,而iPad上的批注会增大pdf文件。不过都是文献而已,这两个都不算问题。
  • 书的导入还是个问题,特别是中文书,之前一直想稿豆瓣读书能不能一键导入文献管理软件,找时间也看看实现方式。

Apogee MiC 96k win10驱动

网课看来是会一直延续下去了的,最近找好一点的麦克风,朋友送了个专业的录音麦克风,型号是Apogee MiC 96k。

直接插上usb,win10上驱动不了,官方也不提供win10驱动了,找了半天中文网络没太多这个麦克风的说明,英文世界找到个驱动方法。

  1. Disable integrity check (bcdedit.exe /set nointegritychecks ON + bcdedit.exe /set TESTSIGNING ON + reboot)
  2. Load drivers from Wavelength Audio from here https://www.usbdacs.com/hs24192/hs24192.html
  3. Edit drivers' *.inf files (modify VID/PID as described above).
  4. Run setup.exe using troubleshooting/compatibility mode.
  5. When setup asks, plug in the Mic96k (at this moment don't press "next" at the setup program but switch to the device manager and remove just appeared Mic96k from the device list).
  6. Press "next" at the setup program and complete the process.

主要是要下载Thesycon软件,然后usbdacs下载驱动,通过Thesycon查看连接的麦克风的VID/PID,修改驱动的inf文件,然后就可以顺利安装驱动了。

其中,驱动安装要先断开麦克风,到安装界面报没有找到合适硬件的时候插入麦克风,就能顺利安装了。

记录一下。

再见2021

年底了,照例一年一度记录以下流水账。

疫情转眼两年了,2020年1月20号送老单去机场时候提醒她带好口罩还历历在目,没想到那之后口罩就没摘下来过。30多岁以后,感觉时间越来越快,稍不留神又是一年过去了。今年最大的事情应该是博士毕业了,从16年决定读博到17年入学,四年毕业,也算是顺利完成了入学时定的目标,唯一一点遗憾是四年里论文发的不够多。

对于上半年的记忆就是年初两篇论文录用了,然后就是写毕业论文。过年在家,在丈母娘家都在写论文,过年好像只有春节休息了几天,终于在2月底完成了初稿。从11月下旬写完长摘要,开始全身心投入写作,历时3个月,总算完成了四年的成果。随后就是导师意见、修改,四月初查重,送盲审。很幸运,两个外审都过了。四月底准备送评阅,然后就是答辩了。6月11日答辩,很顺利,带上了博士帽。

上半年的日子很紧凑,中间还找了工作,定下来去浙工大。毕业后就是等公示拿双证然后工作,入职前有点小波折,也顺利解决了,在9月中入职。暑假比较闲,7月去了沈阳,8月回上海,日子就这么过去了。9月来了杭州,换个城市成本真的很高,离开杭州在上海生活了十年,再来杭州已经不再那么熟悉。来杭州第一晚去宜家买了个床垫,然后睡了几天床垫,一点点添加需要的家具。宜家真是年轻(穷)人的首选,就是杭州的宜家有点太偏。杭州人好像没有那么接受宜家,宜家也没有上海那么火爆,折扣区居然好东西不少。

9月入职,转眼十一,十月一半时间在乐清,11月开始上课,加上一些学院杂事,回过神已经年底。最后一个季度,人生进入了新阶段,成了一名老师。要上课,要独立做科研,看似时间很自由,但是时间很不够,还在适应过程中。这学期只上了一门控规课,八周,只是参与教学。期末看反馈,学生对这课还是有很多不太满意的地方:课程紧、作业多、目标不明确、觉得学到的内容不多等等。我也理了一些可以改进的地方,有时间后面可以整理成文字。

下半年还有很多遗憾,论文没改出来,基金还没好好准备。1、2月份要好好准备基金,然后改博士论文的小论文,这是明年的首要任务。在这一年,读完博、到杭州工作,对我来说,都是人生大事。2021年就要过去了,我会怀念它的。

博士论文盲审结果

博士论文在7号左右提交了教育部盲审,22号出了结果,两个盲审专家都给通过了,一个80一个85,评价也都还可以。
开心,不出意外6月能毕业了。
主要内容三个部分,第一部分花了半年,第二部分也是半年,第三部分从去年疫情开始一直搞到10月份,到11月份还在和导师讨论这部分。11月下旬写完长摘要,开始全身心投入最后论文写作,过年休息了三四天,2月28日写完初稿。3月修改了两版导师意见,4月初查重后送盲审。
论文一路过来还算顺利,这几天抓紧修改送评阅,希望后面答辩也能顺利。

折腾路由

前段时间LD在家老是抱怨网络差,我想着我家好歹也是光纤入户,200M网络怎么会老是卡顿呢。分时段测试了网络连接速度确实没超过100M,那么就10010问候。联通小哥第二天上门,主路由连光猫的网口换了一个,然后跟我说只有一个口是千兆的,插对就行了。我内心NMP,就不能来个电话说么,这么热的天还上门。联通小哥看了一眼我的主路由说这路由不稳定啊,我还挣扎着回答我加了个旁路由上去减轻下主路由负担,小哥也没多说就走了。

再来测网络,确实200M慢速了,但是确实不稳定,抖动很厉害。开始恩山上找K3不稳定的缘故,好歹当初上万的路由(手动狗头,虽然我几百入手)。18年开始拿到手就刷了官改固件,其实也算稳定运行了。恩山上也没啥说官改有问题的,可是这路由确实表现很不稳,我连这几天视频开会都很卡,直接连光猫无线就很稳定,所以还是K3的问题,恩山上有帖子说可能是温度太高。想起去年还买了这个漏油器的散热固件,就想好好把这个上万的路由改造好。

改散热不难,按淘宝店主的教程一步步来,去年夏天开始为了防止漏油把K3倒过来放,打开发现还是漏油了,主板上全是油。换散热硅脂、加散热铜管,再恢复原状,没出什么意外。想着都折腾了就好好理一下网络,最近hipda上都奔歌N1做个旁路由,然后旁路由干这种杂事,既解放主路由又网速嗖嗖的。想着也这么干吧,原来的网络是这样的:

K3完全起到了路由的所有作用,官改固件还有各种插件,所以插件也得K3来处理,按恩山上的话来说就是K3的CPU会有点不堪重负(感觉是为了推销旁路由,主路由不就是干这种事的么==!)。然后加个旁路由来为主路由分担点工作,能加快不少速度。原来PDD上80不到入手过N1(现在又涨价了,斐讯遗产真是理财产品啊!),现在反正也是闲置,利用起来也好。基本按恩山上的教程,就是原来网络中主路由连个旁路由,新搭建好的网络应该是这样:

K3主路由关闭DHCP,各种插件也不用了,只负责发射无线,旁路由负责DHCP,科学上网等各种插件。

为了平时让N1还能运行个python脚本什么的,选择N1先刷个armbian,再在armbian里装docker,docker内装个openwrt负责路由功能。我的N1原来刷的就是armbian,所以省了降级之类的工作。不过原来的armbian版本太低,重新刷了恩山上说最稳定5.77的版本。具体升级(其实是重刷)armbian步骤为:

  1. 下载系统img ,烧录到U盘
  2. 更改u盘的uEnv.ini文件
  3. N1断电,U盘插N1 HDMI口边上的USB口,N1通电
  4. 在同一个局域网内的电脑上,SSH到N1,默认的账号是 root,密码是 1234
  5. 新用户设置后,输入命令 /root/install.sh
  6. 等待完成,拔出N1电源,取下U盘,重新通电就搞定了

然后就是换个源(玩过Linux基本都知道要换国内源),然后可以按照smzdm这篇文章安装docker和openwrt,安装好openwrt就是设置一下的事情了。

K3主路由上关闭DHCP,在N1的op中设置

网络-接口-LAN口-修改:ipv4地址填主路由一样网段的地址(我的K3内网地址是192.168.2.1,所以这里ipv4地址设置成192.168.2.250),ipv4网关指向主路由ip,DNS服务器一个指向主路由IP,别的可以填公用DNS,114.114.114.114或者8.8.8.8。

下面的DHCP设置,到第二个选项页,勾选动态DHCP和强制

最后,op中防火墙添加规则并重启防火墙:

iptables -t nat -I POSTROUTING -o eth0 -j MASQUERADE

这时候都搞定了,重启K3和N1就能上网了。openwrt里集成了各种插件,比如科学上网,KMS服务器,比较惊喜的居然还有网易云音乐灰色歌曲解锁的插件,这让我找个网易云音乐重度用户太开心了,又能在网易云音乐愉快听周杰伦啊李宗盛的歌了。测试了下网速还不止200M,奔着300M去了,这白嫖了几十兆的感觉挺爽哈哈。

参考链接:

https://www.right.com.cn/forum/thread-1347921-1-1.html

https://www.right.com.cn/forum/thread-358295-1-1.html

https://yuerblog.cc/2019/10/23/%E6%96%90%E8%AE%AFn1-%E5%AE%8C%E7%BE%8E%E5%88%B7%E6%9C%BAarmbian%E6%95%99%E7%A8%8B/

https://www.right.com.cn/forum/thread-2284065-1-1.html